I costi totali per la costruzione della galleria ammontano a 686 milioni di franchi. In questa cifra sono compresi gli oneri per la progettazione, la direzione dei lavori, le opere del genio civile e le attrezzature elettromeccaniche.
Il preventivo originale, allestito sulla base del primo progetto esecutivo, con costi del giugno 1969, è superato di 380 milioni di franchi. I fattori dell'incremento di costo sono: il rincaro, per 187 mio Fr. (49%); i maggiori oneri di progettazione, per 9 mio (3%); i maggiori oneri per le condizioni geologiche e geotecniche, per 99 mio (26%); il perfezionamento del progetto, per 39 mio (10%); il potenziamento degli impianti di cantiere, per 5 mio (1%); impianti di cantiere supplementari, e misure costruttive decise in corso di costruzione, per l’attacco intermedio dal pozzo di Hospental, per 19 mio (5%); investimenti anticipati per la seconda galleria, per 22 mio (6%).
L’ammontare dei costi è dello stesso ordine di grandezza di quello di gallerie stradali con lunghezza simile, costruite di recente o in costruzione.
La spesa è ripartita tra i Cantoni di Uri e del Ticino secondo il principio territoriale. Per il Cantone di Uri i costi sono sussidiati al 97% dalla Confederazione. con il 3% a carico del Cantone; per il Ticino il 92% è pagato dalla Confederazione e l' 8% dal Cantone. Ciò significa che Uri avrà contribuito all'opera con 12 milioni di franchi e il Ticino con 22 milioni.