La galleria
presenta in planimetria un'ampia inflessione verso occidente. Questo
tracciato è dovuto a più motivi:
Poiché
la galleria necessita di pozzi di ventilazione, si rivelò vantaggiosa la
scelta di un tracciato che si snodi in corrispondenza della depressione
valliva del San Gottardo, comportando appunto una sua flessione verso
ovest. Ne risultò una lunghezza un po' maggiore per il tunnel,
compensata però da uno sviluppo minore dei pozzi; i loro sbocchi in
superficie vengono peraltro a trovarsi a breve distanza dalla strada del
passo e sono quindi facilmente accessibili. Sondaggi e misurazioni
sismiche hanno poi consigliato di evitare la piana di Andermatt, nata da
un riempimento alluvionale recente di una conca il cui fondo, in altra
giacitura, raggiunge la quota della galleria ferroviaria. L'andamento
inflesso dell'asse permette di inserire nel tracciato curve con ampio
raggio; esse, insieme al cambiamento di pendenza, rompono la monotonia
del lungo tragitto in galleria.
La sezione longitudinale del ricoprimento montano
non è simmetrica. Il passo del San Gottardo, che dà la maggior copertura,
è spostato verso meridione; nella parte settentrionale il ricoprimento
da Göschenen fino a Hospental è molto minore. Ciò ha portato a diverse
distanze tra i pozzi e quindi alla differenza di lunghezza dei tronchi
di ventilazione.