Die Gesamtkosten für die Realisierung des 17 km langen Gotthard-Strassen-Tunnels, die Projektierung, die Bauleitung, der Landerwerb, der Bau, die elektromechanische Ausrüstung, belaufen sich auf rund 686 Millionen Franken.
Dies sind rund 380 Millionen Franken mehr als der Kostenvoranschlag des ursprünglichen Ausführungsprojektes auf der Preisbasis von 1969. Diese massiven Kostenerhöhungen erklären sich wie folgt: Teuerung: 186,7 Mio Fr. (49%); Geologisch bedingte Mehraufwendungen: 99,2 Mio Fr. (26%); Erforderliche Ergänzungen des Projekts: 39,4 Mio Fr. (10%); Mehraufwand für die Projektierung: 9,3 Mio Fr. (3%); Verstärkung der Bauinstallationen: 5 Mio Fr. (1%); Zusätzliche Bauinstallationen, bauliche Massnahmen sowie Mehrkosten für den nachträglich beschlossenen Zwischenangriff über den Schacht Hospental: 19, 1 Mio Fr. (5%); Vorinvestitionen für die zukünftige zweite Tunnelröhre: 21 ,5 Mio Fr. (6%).
Man kann jedoch feststellen, dass die Höhe der Gesamtkosten des Gotthard-Strassentunnels durchaus vergleichbar ist mit derjenigen neuerer Strassentunnel von ähnlicher Länge.
Die Kosten wurden zu 97% bwz. 92% vom Bund getragen. Die verbleibenden Beträge entfielen auf die Kantone Uri und Tessin. Die Verteilung erfolgte gemäss dem Territorialprinzip. Auf Uri fallen 60%, auf den Kanton Tessin 40% der Gesamtkosten.